Die einzelnen Formen der juvenilen idiopathischen Arthritis unterscheiden sich in ihrem klinischen Erscheinungsbild, ihrem Verlauf und ihrem genetischen Hintergrund voneinander. Die Mehrzahl der Kinder zeigt zu Erkrankungsbeginn, d.h. in den ersten sechs Erkrankungsmonaten, das Bild einer Oligoarthritis (das heißt den Befall weniger Gelenke). Typischerweise beginnt die Oligoarthritis im Kleinkindalter, daher wurde die Erkrankung früher oft auch als „frühkindliche Oligoarthritis“ bezeichnet.
Der Beginn der Erkrankung ist meist schleichend. Gelegentlich wird eine Infektion oder ein Trauma im zeitlichen Zusammenhang mit dem Auftreten der Arthritis beobachtet. Bei den meisten Patienten lässt sich jedoch keine typische Auslösesituation feststellen.
Die Gelenkentzündung (meist des Kniegelenkes) äußert sich neben Schmerzen durch Schwellung, Überwärmung und Bewegungseinschränkungen, selten besteht eine lokale Rötung. Von einem jüngeren Kind werden oft keine Schmerzen angegeben. Man beobachtet eher Verhaltensauffälligkeiten, wie „sich tragen lassen“, Entwicklungsrückschritte oder eine ausgeprägte Schonhaltung. Typisch ist, dass das Kind morgendliche Gelenkschmerzen („Morgensteife“) hat, die oft nicht angegeben und manchmal überspielt werden. Dieser morgendliche Ruheschmerz kann sehr unterschiedlich ausgeprägt sein und über Stunden anhalten. Auch nach körperlicher Inaktivität (z.B. nach längerem Sitzen, dem Mittagsschlaf) treten Schmerzen bei den ersten Schritten auf. Die Bewegung des entzündeten Gelenkes verstärkt die Schmerzen, so dass eine Schonhaltung des betroffenen Gelenkes, meist in Beugung, eingenommen wird.

Diese Fehlhaltung kann unbehandelt zu Fehlbelastungen, dauerhaften Fehlstellungen, Beugeschonhaltung des Gelenks mit Muskelverkürzungen (Kontrakturen) und Asymmetrien (Ungleichmäßigkeit) der Körperachse führen. Durch entzündungsbedingte Mehrdurchblutung kann es auch zu einer Wachstumsbeschleunigung auf der betroffenen Seite kommen. Dies fällt durch eine Beinlängendifferenz auf, d.h. das Bein auf der Seite der Gelenkentzündung ist etwas länger. Durch vermehrte Schonung können der Fuß und die Wade auf der kranken Seite schmächtiger werden. Auswirkungen dieser Wachstumsstörungen können sich durch ein Abknicken der Ferse nach außen mit Fußfehlbelastung (sogenannter Knick-Senkfuß), durch eine X-Fehlstellung der Knie (auf der kranken Seite ausgeprägter) sowie durch eine Asymmetrie der Wirbelsäule bis hin zu einer Verkrümmung (Skoliose) äußern.
Sowohl zu Erkrankungsbeginn, als auch im Verlauf können – in Abhängigkeit von der Form des kindlichen Gelenkrheumas – Beteiligungen von Augen, Herz, Nieren, Haut und Störungen des Immunsystems beobachtet werden. Die häufigste Organmanifestation der JIA stellt die rheumatische Augenentzündung (Uveitis) dar, die bei etwa 15 % aller Patienten beobachtet wird. Diese sogenannte Regenbogenhautentzündung ist bei den Kindern mit Oligoarthritis besonders häufig und kann zu jeder Zeit auftreten, auch bereits vor der Gelenkentzündung oder nach deren Abklingen. Besonders aufmerksam sollte man in den ersten Krankheitsjahren bei erneuten Gelenkschwellungen, Augenrötung oder einer Sehstörung sein.
Es gibt einen charakteristischen Laborwert (Antinukleäre Antikörper, abgekürzt ANA), der mit dem Risiko von Augenentzündungen einhergeht.
Bei einer weiteren entzündlichen Rheumaerkrankung, die vorwiegend bei Jungen auftritt, kann das Auge sehr stark gerötet und schmerzhaft sein. Es entsteht eine akute Bindehautentzündung, die auch mit einer Beteiligung der Regenbogenhaut einhergehen kann. Bei diesen Patienten gibt es ebenfalls einen charakteristischen Laborwert, der genetisch gehäuft auftritt. Dieser nennt sich HLA-B27. Viele Menschen (ca. 8 % der Bevölkerung) tragen jedoch ebenfalls dieses Merkmal, ohne in ihrem Leben Rheuma oder eine Augenentzündung zu entwickeln. Die Augenentzündung (Uveitis) verläuft bei der im Kleinkindalter beginnenden Oligo- oder Polyarthritis meist symptomlos. Daher besteht die große Gefahr einer verzögerten Diagnosestellung. Wird die Augenentzündung nicht rechtzeitig erkannt und behandelt, können sich erhebliche Folgeschäden (z.B. Verklebungen zwischen Linse und Hornhaut, grauer oder grüner Star) entwickeln, die die Sehkraft des Auges bedrohen.
Die Verlaufsformen („Subgruppen“) der rheumatischen Entzündung bei Kindern und Jugendlichen werden im Folgenden kurz vorgestellt.